Конечно же все это зависит от планировок. У нас много квартир где два санузла находятся напротив друг друга. Конечно из второго в этом случае делают кладовку. А если санузел с ванной находится в дальней части квартиры, а второй у входа и кухни - то его оставляют.
В трешке должна быть именно вторая ванная комната. Гости будут ходить часто (ибо трешка позволяет не напрягать вторую половинку гостями, если та хочет спать), а постоянно думать о том что у тебя в ванной - не лежат где-то лифчик или трусы, которые спрятать надо - не хочется. Поэтому им дорога в гостевую - и никаких заморочек. Да еще если встаете в одно время - это огромный плюс. Ну и стояки разные. Один могут перекрыть - в другом может быть вода.